rootでログインします。


#vi /etc/X11/xinit/xinitrc.d/xinput をテキストエディタで開きます。


以下のように内容を変更します。
（前略）
#
# check $XIM and set a default $XIM value.
#
if [ -z "$XIM" ]; then
case $tmplang in
ko*)
if [ -e /usr/bin/ami ]; then
XIM="Ami"
elif [ -e /usr/bin/hanIM ]; then
XIM="hanIM"
fi
;;
ja*)

# 以下の2行を、#を記載してコメントアウトします。
# if [ -e /usr/X11R6/bin/xwnmo ]; then
# XIM="_XWNMO"

# 以下の4行を追加します。
if [ -x /usr/lib/im/locale/ja/atokserver/atokx_client ] ; then
XIM="htt"
elif [ -e /usr/X11R6/bin/xwnmo ]; then
XIM="_XWNMO"
（中略）
#
# set a proper XIM program with respect to $XIM
#
if [ -z "$XIM_PROGRAM" ]; then
case "$XIM" in
Ami)
（中略）
kinput2)
XIM_PROGRAM=kinput2
if [ X"`ldd /usr/X11R6/bin/kinput2 | grep libcanna`" = X ] ; then
XIM_ARGS="-wnnenvrc /etc/FreeWnn/ja/wnnenvrc"
else
XIM_ARGS="-canna"
fi
;;
skkinput)
XIM_PROGRAM=skkinput
XIM_ARGS="" ;;

# 以下の4行を追加します。
htt)
. /usr/lib/im/locale/ja/atokserver/atokx_client
XIM_PROGRAM=/bin/true
;;
*)
XIM_PROGRAM=/bin/true ;;
esac
fi
（後略）


/etc/X11/xinit/xinitrc.d/xinput を:wで上書き保存して:qで終了します。

ログアウトします。

任意のユーザーでログインします。

ATOK Xが使用できるようになります。